北京大学口腔医院(简称“北大口腔”)始建于1941年，其前身为国立北京大学医学院附属医院的齿科诊疗室。几经变迁，奠定了北大口腔成为集医疗、教学、科研、预防、保健为一体全面发展的大型口腔医院、口腔医学院和口腔医学研究机构，成为中国与国际口腔医学界的重要沟通桥梁。
作为国家卫生计生委委管的三级甲等口腔专科医院，北京大学口腔医院是目前国际上口腔专科医疗服务规模最大的医疗机构。现有诊疗椅位569台，开放病床157张，临床科室15个，医技科室8个，下属分支医疗机构5个，职工2400余人。2016年门急诊量155.56万人次，日均门急诊近5000人次，年收治住院病人6800余人。获得了口腔类别全部八项“国家临床重点专科”建设项目：牙周病科、牙体牙髓病科、口腔颌面外科、口腔修复科、口腔正畸科、口腔种植科、儿童口腔科、口腔黏膜病科。自2010年起，连续七年被评为复旦版“中国医院最佳专科排行榜”口腔专科第一名。2015年，位列北大版首届“中国最佳临床学科评估排行榜”口腔综合榜单第一名。
作为我国高层次口腔医学专业人才的培养基地，北京大学口腔医学院现有专业教研组(室)21个，博士生导师53人，硕士生导师61人，拥有“长江学者”特聘教授和讲座教授、“973计划首席科学家”“千人计划”“万人计划”人才、国家杰出青年基金获得者等著名专家和国家级口腔医学教学团队等一批学术造诣高、国内著名、国际知名的学术带头人，聘请境外数十名知名学者任院级客座教授，形成了一支结构合理的学术梯队。是国家一级重点学科，也是目前全国唯一由教育部批准招收口腔医学八年制本博连读生的口腔医学院校，2016年初获批北京市高等学校实验教学示范中心。目前在校生总数983人。我国第一位医学博士(1984年)、第一批口腔临床技能(专业)型博士(1988年)、第一位口腔医学双博士(2012年)均由我院培养，近年医师资格考试通过率、毕业生就业率达100%。几十年来，北京大学口腔医学院培养出一代代优秀的学子，推动了中国口腔医学事业的发展，也涌现出一批在国际口腔医学领域颇具成果的著名学者和专家。2016年，QS世界大学学科排名中，北大口腔“牙医学”学科荣列全球第16名。
北京大学口腔医学研究所成立于1978年。医学领域第一家“口腔数字化医疗技术和材料国家工程实验室”、“口腔疾病国家临床医学研究中心”、“国家级口腔医学国际联合研究中心”和作为国内十大国家级医疗器械质量监督检验中心之一的“口腔医疗器械检验中心”均设在我院。此外，医院还拥有国家卫生计生委计算机工程技术研究中心、北京市重点实验室、北京市国际科技合作基地等省部级科技研发平台，同时也是国家药物临床试验机构。此外，还设有中心实验室1个、临床和基础研究实验室13个、以口腔常见疾病防治为主导的跨学科研究中心11个、实验动物室1个和1所口腔医学专业图书馆。十年来，共获21项科技成果奖、授权专利32项、其中专利转化15项。
我院多年来广泛开展口腔健康教育、社区健康促进和农村教学基地建设等工作，是中国牙病防治基金会的支撑单位。在1981年即被世界卫生组织批准为“WHO预防牙医学科科研与培训合作中心”。先后主持完成了三次全国口腔健康流行病学调查，参与组织领导了20多年“全国爱牙日”活动，并参与举办口腔健康咨询、义诊、讲座等公益活动。作为牵头单位，联合全国多家口腔专业单位获批立项2011年度卫生公益性行业科研专项经费项目“城乡居民牙病综合防治模式推广应用研究”。2012年又成为“防治结合型医院”试点单位，牵头全国口腔医学的防治结合工作。
医院作为中华口腔医学会、中国牙病防治基金会、中国医师协会口腔医师分会的支撑单位和会长单位，协助政府制定了我国口腔卫生工作的相关标准、规划，对引领推动我国口腔医学事业的发展起到了重要作用。作为国内口腔医学对外交流的重要窗口，先后与境外多所口腔医学院(校)和相关学术机构签署了学术合作谅解备忘录。每年接待大量外宾，多次举办大型国际和地区性学术会议，并聘请多位世界著名教授、学者为我院名誉教授或客座教授，已成为国内外学术交流的重要平台，其国际影响力也显著增强。
70多年来，北京大学口腔医学院不但赢得了国内外较高的学术地位，培养了大批口腔医学人才，而且还形成了极具特色的医院文化，“厚德尚学、精医济世”的院训作为北京大学口腔医学院的核心文化理念，激励着北大口腔人为了早日实现“建设世界一流口腔医学院”的目标而不断开拓进取、追求卓越和超越自我。